在日本徐福的传说中，日本人认为徐福带来了童男童女、百工、谷种、农具、药物及生产技术和医术，对日本发展起了重要作用，因此尊徐福为“司农耕神”和“司药神”。

大多有关徐福的历史是这样说的：

秦始皇吞并六国后，位高权重，最盼望的就是长生不老。

于是，公元前219年徐福来到秦始皇宫前，声称自己能找到不死药，说是《山海经》中有记载的蓬莱、方丈、瀛洲三座仙岛中有一种不死药。然而第一次东渡徐福并没有带回来什么不死药，他告诉秦始皇，东方确实有仙药，但是神仙需要三千童男童女，各种人间礼物，同时海上航行有鲸鱼挡路，还需要强弓弩击退大鱼，秦始皇都答应了，结果徐福却一去不复返。

徐福去了日本后没有回来，反正那时秦始皇已经死了。徐福带去的人在那繁衍生息，他们就是日本人的祖先。

至今日本还保存着不少徐福活动的遗迹，如歌山县徐福和他的船员七人墓，九州岛佐贺县徐福上陆地纪念碑等。

然而大多数人都认为徐福东渡只是传说，那时航海技术差，稍有大风浪就会船只倾覆。东海风浪可不小，徐福东渡日本怎么也得几个月，难道这几个月都没遇到大风大浪?

至于徐福在日本留下的遗迹本身就很可疑，这是千年后的日本人修建的，没有直接证据能说明就是徐福的活动遗迹。

又有人认为徐福东渡是真，但最后达到的不是日本，而是琉球、台湾，更扯的是，有人说他到了美洲，美洲印第安人是黄种人，他们是中国人后代。

日本人一直努力搞清自己来自哪里，他们通常把目光瞄准在大陆上。不管怎么说，日本人与中国人在长相上几乎没区别。从地理山看，朝鲜半岛离中国最近，但半岛上的居民与中国人外貌差异明显。反倒更远的日本与中国人长得没区别，这点很值得研究。

近日，根据最新的分子人类学，这个问题终于有了答案。

研究表明日本人和藏族在基因上是近亲，东亚其他地区除了西藏其他地区都没有d基因。日本的基因是西藏基因占50%成分，至于西藏人怎么到了日本这就不得而知了。

还有一部分来自南亚即c基因是3万年前位于菲律宾群岛和印尼群岛的南亚人迁徙过去的，还有一部分是极北基因2万年前位于西伯利亚与北海道地区的人迁移来的，基本是个混合人种。

从这里可以断定，徐福不是日本人的祖先。

但是根据日本人的考证，徐福确实到过日本。

分析古代墓葬遗骨证明，徐福东渡时期，日本关西地区的居民平均身高骤然升高了5厘米，由此推断，这很可能是徐福和他的部属登陆后造成的局部人种改良。

还有一个有趣的现象，就是日本科学家发现日本人的基因里，有1％来自中国云南地区，而日语训读发音(土语发音)也和云南纳西族的语音有很多相似之处。

这是怎么回事呢?

从徐福东渡，或许可以找到答案。根据中国方面的史籍记载，徐福要求的三千童男童女，秦始皇也没法一下子凑齐，这个时候，秦军刚巧征服了西南夷，于是秦始皇就下令这些被征服的部族提供所需要的童男童女。

西南夷，就是现代云南各民族的共同祖先。因此，如果这些西南夷的后代借徐福东渡融入日本人种，带给日本人1％的云南基因便有据可循了。

所以说，徐福不是日本人的祖先，却帮助日本改良了人种。

当然，此种观点也只是暂时论证的一个结果，有关日本人祖先的事也会一直辩论下去。无论对错，希望中日两国人民能世代友好下去。